capite bene che ne esce fuori un qualcosa che può essere letto solo da chi sa il codice di ogni singola lettera.

Intanto, considera che quanto a sicurezza e' estremamente bassa. Che tu usi 2 caratteri o 20 per definire una lettera, come sembra tu voglia fare porta avere dei blocchi sempre uguali e di lunghezza uguale, facile fare sostituzioni per arrivare alla soluzione, siamo ai livelli de La ruota della fortuna   La cosa piu' semplice sarebbe usare una libreria come Cryptography, ma se e' solo per fare una prova per imparare qualcosa e' ovviamente diversa la situazione, ti basta usare la funzione string.replace(), tenendo conto che dovresti prima dividere la stringa nella lunghezza delle stringhe sostitutive, che altrimenti rischi di sostituire una cosa per un'altra, per esempio cosi'

line = '1234567890'
lista = [line[i:i+2] for i in range(0, len(line), 2)]
print(lista) # solo per controllo

Poi per rileggere ripulito puoi sostituire item per item nella lista, tipo

for n in range(0, len(lista)-1):
    if lista[n] == tuovalore:
      lista[n] = nuovovalore

Cioè non è un qualcosa che una persona "normale" sia capace di fare, credo...

Aspetta: supponi di avere sostituito un carattere con "emrdi12 -cc", solo per fare un esempio. Se cerchi i primi caratteri nel testo dopo, quando si ripetono, trovi la stessa lettera successiva. Se le sostituzioni sono tutte di uguale lunghezza, si trova semplicemente  dividendo per numeri successivi la posizione fino a che la divisione da resto 0. Alla fine avrai un qualcosa dove, se sostituisci le lettere con numeri, puoi cercare di capire cos'e'. Mettiamo una frase, un qualcosa tipo 11 12 12 13 14 etc etc. Vedi che la frequenza di alcuni numeri e' superiore, potrebbero essere le vocali, ma prima ancora gli spazi.  Passi quindi alle parole piu' corte, che di solito sono gli articoli, e provi a sostituire il, di, la etc etc. Ovviamente questi caratteri sono presenti anche nelle parole, e li' sostituisci. Si guardano le vocali quindi: se hai la fortuna di trovare certe parole facili, hai gia' risolto, senza nemmeno aver acceso il tuo pc.
Viceversa, se usi vera crittografia, sei piu' sicuro, e probabilmente fai pure meno fatica nel fare il programma. Puoi anche usare un programma esterno per cifrare, come GPG, oppure per comprimerlo cifrandolo, tipo 7-zip: magari va oltre le tue esigenze, ma anche fare sostituzioni e simili prende tempo...

Detto per amor di discussione, eh