Non credo sia possibile in Java, e quindi sicuramente nemmeno in Python...
Ci sono due unità fondamentali : Activity e Service.
Un Activity può interagire con l'utente, mentre il servizio viene eseguito in "background", ma non può interagire con l'utente.

Quindi non lo puoi fare (in teoria).
Immagino tu debba automatizzare qualche azione che fai su un app non tua.
E quindi sei fregato (sempre in teoria, aspetto smentite).
Se l'app è tua puoi aggiungerci un BroadcastReceiver e dalla tua app, Java o Python che sia, puoi mandargli messaggi.

Si sono restrizioni un po particolari...
Ti faccio un esempio concreto.
Avrai quasi sicuramento visto la chat di facebook per android...
In breve ci sono queste "Floating Heads" che sono delle piccole finestre con cui si può interagire mantenendo comunque il focus sulla app sottostante.
Potresti, complicandoti la vita, di avere un app a pieno schermo, del tutto trasparente se non l'icona che ti interessa, e "passare" all'app sottostante gli altri input.
Non puoi perchè un activity può ricevere o tutti o nessun input dall'utente...
E quindi fai una finestra di sistema appositamente "truccata".