Ciao, da quel che esponi, in effetti il Tuo problema è strano, anche quando utilizzavo access e VB (20 anni fa) non mi è mai capitato un errore di indice in un update.

Come è strutturata la Tavola? A quali relazioni è soggetta? Logid è un valore univoco oppure no?
Domande giusto per avere una idea di base.

Poi, hai provato ad inserire la procedura di aggiornamento dei dati in un blocco "try -> except" e farti stampare la query che ti da errore (e magari anche la precedente) per poterla valutare?

[Edit] ... e pensandoci un po' su :
Il testo da inserire è costante? Se la risposta è "SI", hai provato ad utilizzare la discriminante per l'estrazione dei dati per l'update, invece dello Logid?, in sostanza una query di questo tipo :

   testo_da_aggiungere = 'quello che vuoi'
   NuovaSQL = 'UPDATE Tabella  SET campoa= CONCAT(campoa, "' + testo_da_aggiungere + '") WHERE (Anno = 2018, Dipartimento=10)'
  cursor.execute(NuovaSQL)

... anche se, a dire il vero, non ricordo proprio se Access implementi "CONCAT()" ... da una ricerca fatta ora, dovrebbe essere :

   NuovaSQL = 'UPDATE Tabella  SET campoa=  "' + testo_da_aggiungere + '" + campoa WHERE (Anno = 2018, Dipartimento=10)'

Mah guarda, il codice che hai postato fa riferimento a un contesto che non conosciamo, oltre a essere un intrico di Cose Da Non Fare e Cose Incomprensibili, secondo tutti i manuali... ma anche lasciando perdere i problemi specifici, la cosa che devi prima di tutto capire è che il tuo assunto di base

> Come é mai possibile che abbia un indice duplicato!!! non sto facendo una "INSERT"... é una stupidissima "UPDATE".

è sbagliato.
E' anzi possibilissimo e molto frequente avere un indice duplicato facendo una UPDATE... se aggiorni un record in un campo indicizzato e per caso lo setti a un valore già presente in qualche altro record, ovviamente avrai un errore di indice duplicato, proprio come se facessi una INSERT. Non c'è niente da stupirsi per questo.

La mia impressione, da una lettura al volo del tuo codice (che peraltro è parecchio confuso) è che tu stia facendo un errore concettuale. Tu forse stai pensando questo: "prendo le righe della tabella a una a una, e aggiorno quel campo indicizzato semplicemente aggiungedo una stringa fissa al valore che già c'è. Che male c'è? Se i valori non erano duplicati prima, non è certo possibile che diventino duplicati adesso, aggiungendo una stringa fissa a ciascun valore del campo..."
L'errore è che NON stai prendendo TUTTE le righe della tabella, visto che la query di SELECT da cui peschi i dati ha un bel WHERE. Quindi probabilmete quello che succede è che a un certo punto capita che un valore aggiornato diventi uguale a un altro *che non avevi pescato* ma che comunque esiste già nella tabella...

Esempio per capire meglio. Metti che hai una tabella fatta così:

ID   col1   col2(indice!)
=========================
1    pera   "giallo verde"
2    pera   "nero blu"
3    pera   "bianco blu"
4    mela   "nero"
5    mela   "giallo"

Poi immagina di fare una query del tipo select * from table where col1="mela", e poi immagina di aggiornare i recordi che peschi (che sono il 4 e il 5) aggiungedo "verde" al testo di col2 (indicizzata). Adesso vedi bene che la tabella dovrebbe diventare

ID   col1   col2(indice!)
=========================
1    pera   "giallo verde"
2    pera   "nero blu"
3    pera   "bianco blu"
4    mela   "nero verde"
5    mela   "giallo verde"  -> OOOOOPSSSSSS!!!! indice duplicato!!!

Ed ecco svelato come una "stupidissima UPDATE" può causare un indice duplicato. Non c'è niente di magico, è davvero solo sql di base. Ed è anche un problema frequentissimo, si capisce: aggiornare un campo indicizzato può portare a errori di indici duplicati. Vedi un po'... è proprio quello a cui servono gli indici unique sui campi...

Poi a dire il vero c'è anche il caso un pochino più esotico in cui ANCHE se peschi TUTTI i record della tabella potresti trovarti comunque con un errore di indice duplicato. Basta che *in qualsiasi momento* un indice sia duplicato, e tutto si ferma anche se per te "alla fine" l'operazione dovrebbe comunque riuscire, da un punto di vista logico. Per esempio, se fosse

ID   col1   col2(indice!)
=========================
1    pera   "giallo"
2    pera   "nero"
3    pera   "bianco"
4    mela   "giallo verde"

e tu volessi aggiungere a ciascuna riga la stringa "verde", vedi bene che già al momento di aggiornare il record 1 avresti un duplicato con il 4... anche se alla fine il 4 dovrebbe poi diventare "giallo verde verde" e quindi non sarà duplicato, il problema è che *in quel momento* hai l'errore e tutto si ferma... Questo è più fastidioso perché ovviamente l'errore dipende dall'ordine in cui sono fatte le modifiche... Può darsi che la cosa migliore in questi casi sia cancellare momentaneamente l'indice, fare l'update e poi ripristinare l'indice... ma dipende dagli internals del database...

Vorrei ringraziare RicPol, grazie al quale, sono riuscito a risolvere.
Ho effettuato le seguenti verifiche:

• prima di tutto ho pensato che potesse dipendere da un "eccesso" di dati inviati al driver ODBC di Access, il quale non essendo stato pensato per grandi volumi di dati e per un uso, sostanzialmente manuale, non riuscisse a digerirli.
  Ho introdotto una  "sleep(2)"... Non ha sortito effetto
• Successivamente sono andato a controllare la struttura del database, evidentemente uno dei campi  - esattamente quello che io andavo ad aggiornare (SET campo = nuovovalore) impediva i valori duplicati - sebbene non indicizzato

Saludos.