Mah... la nebbia si fa sempre più fitta.
Guarda che un interprete CPython è un programma scritto in C. Quando tu fai girare uno script Python, quello che succede veramente è che fai girare un programma in C. Se hai una "struttura hardware particolare" (eh? che vuol dire poi? mah?) su cui non puoi far girare CPython, immagino che tu non possa neanche farci girare sopra un programma in C che scriveresti. Poi certo, ci sono casi in cui non vuoi/puoi installare tutto Python perché occupa troppo spazio, per dire... esistono soluzioni tipo MicroPython per questo... Non so, mi faresti un esempio di "struttura hardware particolare" che intendi?
Detto questo, uhm... suppongo che potresti provare Nuitka... non l'ho mai usato ma è un compilatore, pare che funzioni, e dovrebbe essere una cosa più simile a quella che stai cercando (se ho capito). Nota comunque che, partendo da CPython, compila con gli stessi compilatori che vengono usati per compilare CPython...
Inoltre non so che cosa tu intendi per "programmazione di basso livello", ma certamente non puoi metterti, per dire, a gestire la memoria mano (malloc etc) con Python... e quindi neanche con Nuitka o soluzioni del genere.
Scusa la franchezza, ma... devo chiedertelo: il tuo problema è che vuoi scrivere un programma in C? Perché in questo caso, mi sa che studiare C è un po' l'unica soluzione.