Certo che sì... dipende da quale linter stai usando (o forse... da quale linter sta usando pycharm senza che tu lo sappia!).
Per esempio, considera PyLint: puoi abilitare/disabilitare i singoli check da un file di configurazione, o anche con dei "commenti speciali" all'interno del codice stesso. Guarda qui http://pylint.pycqa.org/en/latest/user_guide/message-control.html e anche qui http://pylint.pycqa.org/en/latest/user_guide/options.html per farti un'idea. Gli altri linter "evoluti" hanno delle consuetudini abbastanza simili.
Probabilmente, poi, pycharm "pesca" la configurazione del suo linter interno da un file di configurazione, che puoi modificare... ma qui devi appunto scoprire che cosa usa pycharm per fare linting, e come puoi intervenire. Non so quanto sia accurata la documentazione di pycharm, dovresti scavare un po'...

uhm... pycodestile è il vecchio Pep8... da un lato ha senso che sia predefinito in pycharme, dall'altro è un linter piuttosto rudimentale... tra l'altro non so neanche se si possa configurare con la tecnica dei "commenti speciali" (ma non ricordo, è un secolo che non lo guardo).
Forse potresti considerare anche di cercare nella documentazione di pycharme come si fa a integrare un altro linter invece di pycodestile... per esempio vanno molto di moda Flake8 e Pylint... che sono entrambi più potenti (Pylint è pure troppo... praticamente se non lo configuri si mette a rilevare... tutto!).
Ovviamente se vuoi fare una scelta ragionata, ti conviene prima testarli tutti... chiudi per un attimo pycharme, ti fai un virtual environment con la shell e ci installi dentro tutti e tre. Poi scrivi un modulo "test.py" pieno di erorri, e sempre dalla shell fai qualcosa come

$ python -m pycodestyle test.py > pycodestyle_report.txt
$ python -m pylint test.py > pylint_report.txt
$ python -m flake8 test.py > flake8_report.txt

e ti vai a leggere i tre report, e vedi quali e quanti errori ti hanno segnalato, e in che modo.